Здравствуйте.
Цитата: в налоговой сказали самим откорректировать, а как?
Как обычно. Увольнение работника не меняет порядок возврата излишне удержанного налога, предусмотренный ст.231 НК РФ.
Цитата: Прекращение трудовых отношений между налогоплательщиком и организацией - источником выплаты доходов, с которых налог излишне удержан, а также период, в котором производится возврат излишне удержанного налога, не влияют на порядок применения норм указанной ст. 231 Кодекса.
Цитата: при наличии налогового агента налоговый орган не может производить возврат излишне удержанной налоговым агентом суммы налога. При этом в ситуации, когда налогоплательщик получает от налогового агента отказ в возврате излишне удержанной налоговым агентом суммы налога на доходы физических лиц, вопрос может быть решен в судебном порядке.
Поэтому порядок Ваших действий таков (
ст.231 НК РФ):
1. В десятидневный срок с момента обнаружения излишне удержанного НДФЛ надо известить об этом бывшего работника.
2. Дождаться от него заявления с просьбой о возврате (его сотрудник может подать в течение 3-х лет).
3. Перечислить излишне удержанную сумму налога на счёт, указанный в заявлении в течение 3-х месяцев с момента принятия заявления.
Если заявления от сотрудника не поступит, ни чего "корректировать" не надо - оставляете всё как есть. Ненулевое поле "Сумма налога, излишне удержанная налоговым агентом" ошибкой не является и ни каких дополнительных (кроме вышеуказанных) действий от Вас не требует.